Brno được công nhận là một thị trấn vào năm 1243 bởi Vaclav I, vua của vùng Bohemia, nhưng vùng đất này tự nó đã có đinh cư từ thế kỷ thứ 5. Từ thế kỷ thứ 11, lâu đài của những người cầm quyền của vương triều Přemyslid đã có ở đây.

Trong suốt thế kỷ 14, Brno trở thành trung tâm của những khu vực ở Morava. Những người có quyền lực ở đây quyết định về chính trị, luật pháp và tài chính. Họ chịu trách nhiệm cho việc bảo quàn, ghi chép của vùng.

Trong cuộc Chiến tranh Hussite thành phố vẫn giữ sự trung thành với vua Zikmund. Hussite hai lần sắp đặt bao vây thành phố vào năm 1428 và năm 1430. Cả hai lần đều vô ích.

Trong cuộc Chiến tranh Ba mươi Năm vào năm 1643 và 1645, Brno là thành phố duy nhất phòng thủ thành công trước sự bao vây của những người Thụy Điển bằng cách cho phép đế chế Áo cải cách lại quân đội của mình và để chống lại lực lượng Thụy Điển. Bằng sự công nhận này, thành phố nhận được sự gia hạn về các đặc quyền của mình. Trong những năm tiếp theo của cuộc Chiến tranh Ba mươi Năm thành phố trở thành pháo đài ba rốc không thể xâm phạm được.

Năm 1742, nước Phổ thất bại trong cố gắng xâm chiếm thành phố, và vị trí của Brno được xác nhận cùng với sự thiết lập của tòa giáo mục năm 1777. Năm 1805, trận chiến Austerlitz diễn ra 6 dặm phía nam Brno.

Trong thế kỷ 18, sự phát triển của công nghiệp và thương mại bắt đầu diễn ra và còn tiếp diễn đến tận thế kỷ sau. Ngay sau cuộc cách mạng công nghiệp, thành phố bắt đầu trở thành một trong những trung tâm công nghiệp của vùng Morava, đôi khi nó còn được gọi bằng tên "Manchester của Morava". Năm 1839, chuyến tàu đầu tiên đến Brno. Đây là sự khởi đầu của vận tải đường sắt, nay là Cộng hòa Séc. Trong những năm 1859-1864 pháo đài thành phố đã gần như hoàn toàn bị loại bỏ. Năm 1869 một dịch vụ xe điện bắt đầu hoạt động tại Brno, đó là dịch vụ xe điện đầu tiên ở vùng đất Séc. Đèn khí ga được đưa vào thành phố năm 1847 và hệ thống xe điện năm 1869. Nhà hát Mahen tại Brno là tòa nhà đầu tiên trên thế giới sử dụng những bóng đèn điện của Ê-đi-xơn.

Trong suốt nền Cộng hòa đầu tiên (1918-1938) Brno tiếp tục đạt được những thành tựu quan trọng- đó là trường đại học Masaryk được xây dựng năm 1919, Nhà máy xe bọc thép, máy tự động được thiết lập năm 1919, trung tâm hội trợ được mở cửa năm 1928 với những cuộc triển lãm văn hóa đương thời. Thành phố không chỉ là trung tâm công nghiệp, thương mại mà còn là trung tâm của giáo dục, văn hóa. Những người nổi tiếng từng sống và làm việc tại đây phải kể đến như Gregor Mendel, Leoš Janáček, Viktor Kaplan, Jiří Mahen và Bohuslav Funchs. Milan Kundera sinh ra tại đây và rời đến Praha học đại học và không bao giờ quay trở lại.

Năm 1939 Brno bị sáp nhập vào Đức quốc xã cùng với suốt phần còn lại của Morava và Bohemia. Sau chiến tranh, và sự tái thiết của quốc gia Tiệp Khắc, dân tộc thiểu số Đức phần đông đều bị trục xuất.